یکی از مهم‌ترین اصول طراحی در معماری ایرانی، استفاده از تناسبات می‌باشد که معروف‌ترین آنها، تناسبات طلایی است. در عمارت موسی‌خانی این اصول علاوه بر تناسبات طلایی، شرایط آب و هوایی و محیطی و اعداد مقدس و هندسه و ریاضیات در شکل گیری معماری اتاق ها تاثیر گذار بوده است.
به گزارش سپتا، در طراحی این سبک از معماری ایرانی که در عمارت موسی‌خانی به کار رفته است علاوه بر اینکه تناسبات طلایی، شرایط آب و هوایی و محیطی و اعداد مقدس و هندسه و ریاضیات در شکل گیری معماری اتاق‌ها تاثیر گذار بوده آنها را به دو دری ، سه دری ، پنج دری تقسیم کرده است. سه‌دری اتاقی است که در آن از نصف تناسبات طلایی استفاده شده است،دارای ابعاد کاملا انسانی و سعی بر این بوده تا از هدر رفت فضایی جلوگیری کنند، همه‌چیز به اندازه طراحی می‌شده است مثلا اگر یک خانواده با اثاثیه خواب در این اتاق قرار بگیرند، نه فضای اضافه دارند و نه معذب می‌شوند.
همان طور که از اسم این فضا پیداست، یکی از دیوارهای این اتاق از سه در یا پنجره تشکیل شده که اغلب با شیشه‌های طرح‌دار و رنگی تزئین شدند. این اُرسی‌ها معمولا از جنس چوب بوده و در طول روز با عبور نور از این شیشه‌های رنگی، نقش و نگار زیبایی را در فضا شکل می‌دهند و موجب کنترل شدت نور می‌شود تا برای افرادی که در اتاق ساکن هستند، آزار دهنده نباشد و محیظ پر آرامشی را خلق کند. پرده مثل تمام فضاهای ایرانی در نقش حفظ محرمیت عمل می‌کرده است.
نکته حائز اهمیتی که در طراحی اتاق‌های سه‌دری عمارت موسی‌خانی وجود دارد، این است که نمی‌توان به طور مستقیم از فضای باز وارد فضای بسته شد و در کنار آنها راهروها یا تخت‌گاه‌ها به عنوان تقسیم‌کننده فضا وجود دارند که موجب رعایت سلسله مراتب فضای از فضای باز، پوشیده و بسته می‌شود. معمولا در پشت اتاق‌های سه‌دری این عمارت فضایی به اسم پستو قراردارد که کاربری گنجه در زمان‌های گذشته داشته است. همچنین درون اتاق‌های سه‌دری طاقچه‌هایی بر روی دیوارها دیده می‌شود که محلی برای قراردادن وسایل مورد نیاز بر روی آنها است.