عمارت موسی‌خانی همانند آیینه‌ای است که طبیعت را در دل خود منعکس کرده و هنر شگفت‌انگیز معماری سنتی و زیبای ایرانی با تلفیق عناصر طبیعی به این اثر تاریخی روح تازه‌ای دمیده است . قرارگيـري حوض آب در قلب و كانون حياط مركزي با آبي سيال و انعكاس آسـمان و خورشـيد در آن، بـا بـاد مـوج آفرين و صداي ريزش آب و درونگرايي عمارت و ايجـاد امنيـت و آرامـش همگـي مناسـب تغذيـه نفـس روحاني و سيرت جوهري انسان مي‌شود.
به گزارش سپتا، تفكر درباره طبيعت، اجزا و عناصر آن، قوانين و نظام متقن حاكم بر جهان هستي همچنين همـاهنگي و تعادل موجود در كائنات به عنوان تجلي علم و قدرت الهي يكي از مقوله‌های مهمي است كه همـواره در معماري سنتي ايران به آن پرداخته شده و به بهترين صورت در بناهای تاریخی ايـران بالاخص مسكن بـه منصـه ظهـور رسيده است. علاوه بر اين قرآن كتاب آسماني تمام عالم طبيعت را آكنده از آيـه ها و نشـانه هايي بـراي شناخت ماوراي طبيعت مي‌داند. در آيه ۲ سوره انعام، خلقت انسان بـه خـاك نسـبت داده شـده: “هـو الذي خلقكم من طين” و در آيهاي ۲۹ سوره حجر خلقت انسان به روح خداوند منسـوب شـده: “فـاذا سويته و نفحت فيه من روحي”. بنابراين تمامي مراتب وجـود شـامل عـوالم مـادي، گيـاهي، حيـواني، عقلاني، روحاني در خلقت انسان وجود دارند. رابطه انسان با طبيعت در واقع رابطه بعد روحي انسان بـا ساير ابعاد و عناصر وجودي خود است. يعني اين رابطه روند خودآگاهي انسان را تسهيل و سـير تكاملي انسان را ممكن مي کند (نقره كار، ،۱۳۸۷ ۳۴۵).
رابطه روح انسان با طبيعت، اشارات فراوان در قـرآن درباره گياه، آب، نور و اجزاي طبيعت و در نهايت تمثيل بهشتي آن موجب شده كه در عمارت تاریخی موسی خانی حضور طبيعت به طور همه جانبه است و فضاهاي نيمه بـاز- نيمـه بسـته در يـك رونـد سلسـله مراتبي به نحوي در كنار يكديگر قـرار گرفتـه اند كـه گـويي همـواره پاسداشـت، احتـرام و حفـظ نعمت‌هاي الهي را كه در قلب طبيعت و اجزا و عناصر آن وجـود دارنـد، گوشـزد مـي کند د و در درون حياط مركزي خانه تبلور مي يابد.
.
در حياط مركزي باغچه هاي كوچك حوض آبي را در درون خود جـاي داده اند و حوض، انعكاس دهنده هر چيزي مي شود كه در اطراف آن گرد آمـده اسـت. قرار گيـري حوض آب در قلب و كانون حياط مركزي با آبي سيال و انعكاس آسـمان و خورشـيد در آن، بـا بـاد مـوج آفرين و صداي ريزش آب و درونگرايي عمارت و ايجـاد امنيـت و آرامـش همگـي مناسـب تغذيـه نفـس روحاني و سيرت جوهري انسان مي باشد. به تعبير عرفاني، عمارت تاریخی موسی خانی نيز با درونگرايي خود، در حقيقت بـه اطـراف خـود پشـت كرده است و بـه درون خود توجه دارد. عارف در دل خود كه آيينه صفات الهي است نورخدا را مي‌بينـد. در ايـن ميـان حياط جانشين درونگرايي و آب جانشين دل عـارف اسـت كـه انعكـاس دهنـده نـور آسـمان مي‌باشـد. عمارت موسی خانی، تنها طبيعت را به درون بنا نكشانده كه جايگاه آن را نيز سامان داده است. از جمله اين جايگاه ها مهتابي و ايوان وسيع است كه معمولاً در شب‌هاي تابستان براي بهـره بيشتر از طبيعت مورد استفاده قرار مي‌گرفت.