شفافیت از اصولی است که پیوسته در معماری ایرانی به کار گرفته شده و با گذر زمان, روند شکوفایی آن به اوج خود رسیده است. خانه‌ها که از مهم ترین بناها در معماری ایرانی و اسلامی هستند در طول تاریخ, تجلی‌گر این اصل بوده اند.
شفافيت از يك اصل مهم هستي شناسي يعني حركت هميشـگي و تكامـل هسـتي از يـك كيفيـت مادي به كيفيت روحي نشأت مي‌گيرد. از اين مفهوم مي‌توان به عنوان ابهام و عـدم قطعيـت حـدود فضايي نيز نام برد. تجسم اين اصل در تاريخ معماري ايران سـير دائمـي و تكـاملي كـاهش مـاده و افزايش فضاست. از طرفي فضاي شفاف در نقطه مقابل مفهـوم فضـاي بسـته قـرار دارد. در چنـين فضايي سير حركت انسان و يا نگاه او در تداومي پيوسته صـورت گيـرد. بـه طوري كـه گشـايش‌هاي فضايي در خطوط عمودي و افقي موجب شفافيت در لابه‌لاي ديوارها و ستون‌ها مي‌گـردد (شـايان و قاري پور، ،۱۳۸۱ ۲۶). در لابه لاي بدنه‌هاي عمارت موسی خانی، فضا هيچ‌گاه با قاطعيـت مشـخص نمي‌شود و ابهام تركيبات پيچيده آن به دليل غنا بخشيدن بـه مناظريسـت كـه نمي‌تـوان آن را در يك قالب محدود و تماميت يافته تفسير كرد. اين فضا حامل پيام از پديده‌ايست كـه پديـده ديگـر در درون خود دارد و حركت به سوي آن حركتـي بـه سـوي بخـش ديگـر فضاسـت.
نمود ديگر شفافيت در بنای عمارت موسی‌خانی بهره‌گيري خارقالعـاده از نـور اسـت. همـان طـور كـه ميرميران معتقد است: “نور در معماري تنها يك وظيفه كاربردي ندارد، نقش آن حتي به آفـرينش زيبايي هم محدود نمي‌شود. بلكه نور حقيقت معماري را مي‌سازد و تا آنجا حضـور دارد كـه تعـالي ماده به نور در اين معماري صورت مـي‌گيـرد” (همـان، ۱۰۳).
در يـك دسـته‌بندي كلـي مي‌تـوان شـفافيت را در عمارت موسی‌خانی در دو دسـته تقسـيم‌بندي نمـود: يكـي كـاهش از جـرم و تـوده ساختمان و افزايش فضـاي تهـي آن (میانسرا) و ديگـري تجلـي وجـه بـاطني و ملكـوتي مـواد و مصـالح بـا شگردهاي گوناگون با ياري نور و انعكاس آن است؛ بنابراين پيوند فضاي اتاق‌ها به حياط و ايجاد تداوم بصـري و نفـوذ نور و هوا از طريق ايوان و بازي‌هاي نور در پنجره‌ها و مشبك‌ها از جلوه‌هـاي شـفافيت در معمـاري عمارت تاریخی موسی‌خانی است.
شفافيت و گشـادگي نـه تنهـا خصيصـه اصـلي فضاها و سلسله مراتب فضاي عمارت را مي‌سـازد، بلكـه ريزفضـاهاي آن را نيـز تحت تـأثير قـرار مي‌دهد؛ براي مثال در الگوي حياط مركزي عمارت، تعبيـه ايوان‌هـايي كـه در بدنـه حيـاط مركـزي در نظر گرفته شده، به سبكي و شفافيت فضاي دروني حياط افزوده است.
