عمارت تاریخی موسی‌خانی بر اساس ویژگی‌ها و اصول معماری ایرانی در دوره قاجار ساخته شده و از ویژگی‌های ارزشی به خصوصی از جمله چون طراحی مناسب، محاسبات دقیق، فرم درست پوشش، رعایت مسائل فنی و علمی در ساختمان، ایوان‌های رفیع، ستون‌های بلند برخوردار است و تزئینات گوناگون که هریک در عین سادگی معرف شکوه و زیبایی معماری ایران است.
به گزارش سپتا،یکی از مهمترین اصول معماری این بنا رعایت اصل درونگرایی است.درون گرایی مفهومی است که به صورت یک اصل در معماری ایران وجود داشته و با حضوری آشکار ، به صورت‌های متنوع ، قابل درک و مشاهده بوده است .در ساماندهی اندام های گوناگون عمارت موسی‌خانی ، باورهای مردم، بسیار کارساز بوده ، یکی از این باورها، ارزش نهادن به زندگی شخصی و حُرمت آن و نیز عزت نفس مردمان بوده که این امر به گونه‌ای معماری این بنا را درونگرا ساخته است .
در معماری این عمارت شاهد هستیم که با ساماندهی اندام‌های مختلف عمارت در گرداگرد چند میان‌سرا، ساختمان را ازجهان بیرون جدا کرده و تنها یک هشتی این دو را به هم پیوند می‌داده است. عمارتی درونگرا در اقلیم گرم و خشک، همچون بهشتی در دل کویر است ،که همانند آغوش گرم بسته‌ای است و از هر سو رو به درون دارد.
سر در این عمارت دارای دو سکو(پیرنشین) و دری دو کوبه‌ا‌ی جدا ویژه‌ی مردان و زنان است. در عمارت موسی‌خانی دو هشتی یکی در ضلع جنوبی بنا و دیگری در ضلع شمالی محوطه تعبیه شده، هشتی ضلع جنوبی در معماری این عمارت فضایی است سرپوشیده میان کوچه و حیاط عمارت بوده است که سکوهایی برای نشستن درون آن تعبیه شده تا افراد از ایستادن در فضای هشتی خسته نشوند و برای رسیدن به قلب عمارت(حیات اندرونی) یک دالان قرار دارد که بخش بیرونی عمارت را به بخش اندرونی آن، متصل می‌کرده است.
هشتی ضلع شمالی محوطه ورودی خدمه و سربازان را از ورودی اعضای اصلی عمارت از هم جدا می‌کرده. هشتی ضلع جنوبی عمارت دارای با تزئینات کاربندی های زیبایی آراسته شده است و سوراخی در سقف (هورنو) برای تأمین نور در روز داشته است و معمولا شب‌ها هم فانوس یا چراغ‌موشی فضای آن را روشن می‌کرده، در واقع می‌توان این‌گونه گفت که در فرهنگ معماری عمارت موسی‌خانی ، ارزش واقعی به جوهر و هسته باطنی آن داده شده و پوسته ظاهری ، صرفا پوششی مجازی است که از حقیقتی محافظت می‌کند و غنای درونی وسربسته آن تعیین کننده جوهر و هستی راستین بنا است و قابل قیاس با وجوهات و فضای بیرونی نیست.
درون گرایی در جستجوی حفظ حریم محیطی است که در آن شرایط کالبدی با پشتوانه تفکر ، تعمق و عبادت به منظور رسیدن به اصل خویش و یافتن طمانینه‌ی خاطر و آرامش اصیل در درون ، به نظمی موزون و متعالی رسیده است. به طور اعم و براساس تفکر شرقی و درسرزمین‌های اسلامی ؛ جوهر فضا در باطن است و حیاط درونی، به وجود آورنده اساس فضا است.
