در لابه‌لای بدنه‌ی بناهای معماری ایران، فضا هیچ‌گاه با قاطعیت مشخص نمی‌شود و ابهام ترکیبات پیچیده آن به دلیل غنا بخشیدن به منظره‌ایست که نمی‌توان آن را در قالب محدود و تمامیت یافته تفسیر کرد. این فضا حامل پیام از پدیده‌ای است که پدیده دیگری را در درون خود دارد و حرکت به سوی آن، حرکت به سوی بخش دیگر فضاست با کلیت و جامعیتی گسترده؛ در بیان اصل سلسله مراتب و مفهوم پرده‌های وصل دهنده(Sequence) یکی از خصوصیات معماری ایران برقراری تداوم مکانی می‌باشد. تأثیری که کیفیت فضا بر روی ذهن انسان می‌گذارد از منظر میزان باز و بسته بودن فضا است، چراکه کیفیات حضور سلسله مراتب در فضاهای باز و بسته و پوشیده باهم متفاوت است.
به گزارش سپتا، فضای باز مجموعه فضایی سر باز بوده و دارای آسمان است و یا به تعبیری از آسمانه یا سقف برخوردار نباشد، حال این فضا می‌تواند از یک‌طرف، دوطرف، سه طرف یا چهار طرف با دیوار محاط شده باشد ولی داشتن یک کف مشخص و تعریف‌شده دارای شکل لازمه تعریف یک فضای باز است نمونه‌های فضای باز در عمارت موسی‌خانی بسیار متنوع هست همچون حیاط و مهتابی و بام و …..که در این معماری به وفور از آن استفاده شده است.
سلسله مراتب فضای پوشیده در عمارت تاریخی موسی‌خانی فضایی است دارای سقف و دیواره‌ها و از آسمانه برخوردار است اما از یک یا دو یا سه جهت به فضای باز ارتباط داشته و فاقد دیواره است، نمونه‌های فضای پوشیده در معماری عمارت موسی‌خانی بسیارند از انواع ایوان‌ها گرفته تا دالان و هشتی و سردر و ….. می‌توان اشاره کرد .
.
سلسله مراتب فضای بسته در عمارت تاریخی موسی‌خانی: فضای بسته فضایی است که هم از جداره‌ها و هم از سمت آسمان دارای پوشیدگی است، البته این پوشیدگی‌ها دارای کیفیت‌های مختلف باز شوندگی است، از انواع فضای بسته هم در عمارت موسی‌خانی بسیارند. فضاهایی همچون اتاق سه‌دری و پنج‌دری و شاه‌نشین و غیره می‌توان نام برد.
